오타루역은 1903년에 문을 열었고, 이듬해에는 홋카이도 최남단 도시인 하코다테까지 노선이 개통되었습니다. 20세기 초에는 오타루역에 내리면 수십 척의 범선과 증기선이 항구에 정박해 있고, 바지선이 해안까지 화물과 승객을 실어 나르는 것이 보였습니다.
현재의 역사는 철골 철근 콘크리트 건물로 1934년에 완공되었습니다. 좌우대칭으로 배치된 현관홀의 아르데코 양식 디자인은 당시 규모가 큰 역사에 흔히 사용되었습니다.
역사 정면에 있는 높은 6개의 창문을 통해서는 자연광이 쏟아져 들어오며, 지역 유리 제조업체인 기타이치 유리에서 기증한 333개의 유리 램프도 현관홀을 수놓고 있습니다. 현재, 이 램프들은 전등으로 되어 있지만, 기타이치 유리가 1901년에 제조를 시작한 유리 불기법(Glass blowing, 입으로 바람을 불어 넣어 유리를 성형하는 기법)으로 만든 오일 램프와 닮아 있습니다.
4번 승강장은 1934년에 실시된 개축과 에스컬레이터, 추가된 조명 등 최근에 증설된 것을 제외하면 1903년 당시의 모습과 거의 다르지 않습니다. 4번 승강장에는 인기 배우였던 이시하라 유지로(1934년~1987년)가 장편 TV 드라마 시리즈 촬영을 위해 오타루를 방문했던 것을 기념하여 액자에 끼워진 실물 크기 패널이 놓여 있습니다. 이시하라 유지로는 고베에서 태어났지만 유소년 시절 수년 동안을 오타루에서 보냈으며, 이후에도 자주 오타루를 방문했습니다. 이 4번 승강장은 ‘유지로 승강장’이라고도 불리고 있습니다.