小樽運河歷史悠久，與其相伴而建的是一條磚石步道，還有路旁的煤氣燈，更有入駐了餐廳、商店和博物館的百年老倉庫。小樽運河既是這座20世紀早期繁榮貿易港口的歷史印記，也是當地居民保護運動的標誌。
小樽在20世紀早期就已經是日本北部最大的商業港。商船從本州運來貨物和補給，再滿載著北海道內陸出產的農作物（豆類、小麥等），以及從小樽海域捕撈的鯡魚南歸。駁船運送乘客也運送貨物，往來穿梭於航船與海岸之間。1882年，北海道第一條鐵路通車，此後，煤炭由鐵路運到小樽，再裝船運往全國各地，為日本的工業化發展提供動力。
隨著小樽港貿易量不斷增長，海岸沿線擠滿了駁船。在1914年至1923年之間，當地填海造地，修築了多個與海岸線平行的人工島。島鏈與海岸之間留出了一條40公尺寬的水道，為駁船提供了更多停靠空間，這條水道就是後來的小樽運河。
然而，大型貨輪最後還是取代了木造帆船。到了1937年，供貨輪停靠的新碼頭落成，不再需要駁船轉運便可裝卸貨物。大約在同一時期，國家的主要能源需求也從煤炭轉向石油，小樽失去了作為主要港口的地位，運河也逐漸被廢棄。
1966年，一項填平小樽運河、拆除周邊倉庫以擴建道路的計畫被提上議程，當地居民奮起抗爭，掀起了保護運動。1980年代，雙方達成妥協。運河的大部分河段和周邊倉庫不但保留了下來，還經過修復，讓小樽運河北端基本保留了原本的面貌。只是沿河停靠的不再是當初幫助這座城市獲得財富的駁船，而是一些小型漁船。