小樽运河历史悠久，与之相伴的是一条砖石头步道、路旁的煤气灯，以及入驻了餐厅、商店和博物馆的百年老仓库。小樽运河既是这座20世纪早期繁荣贸易港口的历史印记，也是本地居民保护运动的标志。
20世纪早期的小樽是日本北部最大的商业港。商船从本州运来货物和补给，再满载着北海道内陆出产的农作物（豆类、小麦等）和从小樽海域捕捞的鲱鱼返回。驳船往来穿梭于商船与海岸之间，运送乘客和货物。1882年北海道第一条铁路通车后，煤炭经铁路运到小樽，再装船运往全国各地，为日本的工业化发展提供动力。
随着小樽港的贸易量不断增长，海岸沿线挤满了驳船。在1914年至1923年之间，当地填海造地，修筑了多个与海岸线平行的人工岛，岛链与海岸之间留出了一条40米宽的水道，为驳船提供了更多的停靠空间。这条水道就是后来的小樽运河。
然而，大型货轮最终取代了木造帆船。1937年，货轮停靠的新码头落成后，不再需要驳船转运即可装卸货物。大约在同一时期，国家的主要能源需求从煤炭转向石油，削弱了小樽作为主要港口的地位，小樽运河逐渐废弃。
1966年，填平小樽运河、拆除周边仓库以扩建道路的计划被提上议程。本地居民奋起抗争，掀起了地域保护运动。20世纪80年代，双方达成协议，运河的大部分河段及周边仓库得以保存修复。小樽运河北端基本保留了原本的面貌，只是沿河停靠的小型渔船取代了当初帮助这座城市获得财富的驳船。